Pro přírodní čistírny odpadních vod (vegetační kořenové čistírny) platí všechny předpisy jako pro jiné způsoby čištění. To znamená povolení územně příslušného vodoprávního úřadu včetně povolení nakládání s vodami (vypouštění do vod povrchových nebo podzemních).
Právními předpisy jsou:
Doporučujeme, obrátit se na územně příslušný vodoprávní úřad a odborníky v dané problematice.
Na přírodní čistírny odpadních vod se vztahuje dotační politika vlády.
Od roku 1994 mají atest Hlavního hygienika ČR reg. č. HEM 3246/5. 12. 1994 a již od roku 1993 neplatí povinnost vybírat způsob čištění odpadních vod u malých zdrojů znečištění z omezeného seznamu typových čistících zařízení.
V případě budování bezodtokových systémů odpadních vod a kalů na vlastním pozemku by nemuselo být potřebné schválení vodohospodářským orgánem, pouze doložení dostatečné izolace, aby nedocházelo k únikům do podloží.